장성한 베토벤은 여전히 공기청정기 판매원인 조지 뉴튼(찰스 그로딘), 아내 앨리스(보니 헌트), 그들의 세 자녀인 라이스, 테드, 에밀리와 함께 살고 있다. 여느 때와 다름없이 뉴튼 가족이 모두 집을 비운 아침. 공원에 산책을 나간 베토벤은 그곳에서 만난 암컷 미시와 사랑에 빠진다. 종일 집을 비웠다 돌아오는 베토벤의 행적을 수상쩍게 여기던 테드와 에밀리는 베토벤의 뒤를 밟다가 미시의 주인인 레지나의 집 지하실에서 미시와 귀여운 새끼강아지 네 마리를 발견한다. 베토벤은 그곳에 두 집 살림을 차린 것이었다. 하지만 미시는 곧 주인의 이혼 소송에 휩쓸려 악독한 레지나와 함께 어디론가 떠나게 되고 테드와 에밀리는 졸지에 엄마를 잃은 새끼들을 집으로 데려와 이들을 정성껏 키우기 시작한다. 조지는 독립 기념일을 맞아 가족들 모두와 몬태나로 휴가를 떠나고, 이곳에서 맞닥뜨린 레지나가 새끼들을 유괴하는데...