요정 모모는 마을 사람들에게 없어서는 안되는 존재. 그러나 마을 사람들은 회색 복장을 한 시간 도둑들의 꾐에 빠져 시간을 아끼려 버둥대며, 피곤하고 가증스러운 모습으로 바뀌게 된다. 이에 모모는 시간의 성서를 가지고 도둑과 필사적으로 싸우게 된다. 한손에는 한 떨기 시간의 꽃을 들고, 다른 한 손으로는 신비의 거북이 카시오데이아를 가슴에 안은 모모는 이웃들의 도둑맞은 시간을 되찾으려 한다. 원형극장에서 일하는 청소부 뱃포에게 발견된 모모는 출생을 알 수 없는 데다 어디서 온지 아무도 모른다. 모모는 타고난 천진난만함을 통해 주변사람들과 융화를 잘해 마을 사람들의 투터운 신뢰와 관심을 받아가며 사람들이 지어 준 집에서 살게 된다. 그러던 어느 날 마을에 시간을 절약하며 저금을 하면 생명이 배로 된다는 속임수를 쓰는 시간 도둑이 출현하게 되고 마을의 평화는 깨지기 시작한다. 이에 호라박사와 모모는 힘을 합쳐 마을의 평화를 되찾기 위한 노력을 하게 되는데...