여느 때와 다름 없이 평화로운 한 때, 호조 히비키와 미나미노 카나데는 고양이 하미와 함께 외출을 한다. 하미가 거리 이 곳 저 곳에서 장난을 치고, 히비키가 난장판을 수습하는 와중에 갑자기 하늘에서 수많은 파트너펫들이 떨어지는 일이 발생한다. 이는 요정의 세꼐와 프리큐어들이 있는 현실세계가 뒤섞여버렸기 때문이다. 동시에 프리큐어들과 싸웠던 악당들이 다시 나타나기 시작한다. 이들이 노리는 것은 세계를 잇는 무지개빛 '프리즘 플라워'를 시들게 하는 것........ 과연 21명의 프리큐어들은 힘을 모아서 악당들을 막을 수 있을 것인가?